Bornholms Hospital varetager selv de fleste hovedfunktioner, som omfatter forebyggelse, diagnostik, behandling, pleje, rehabilitering og palliation ved sygdomme og tilstande, hvor såvel sygdom, som sundhedsvæsenets ydelser er hyppigt forekommende, hvor kompleksiteten er begrænset, og hvor ressourceforbruget ikke tilsiger en samling af ydelserne (dvs. det almindelige og hyppige). Rigshospitalet varetager hovedfunktioner og specialfunktioner, der ikke varetages på Bornholms Hospital for bornholmerne. Bornholms Hospital har endvidere samarbejdsaftaler med andre af regionens hospitaler indenfor enkelte specielle sygdomskategorier.

Bornholms Hospital er en del af Region Hovedstadens hospitalsvæsen. Bornholms Hospital er organisatorisk knyttet til Rigshospitalet for at sikre en entydig og klar tilknytning samt en løbende opfølgning og udvikling af hovedfunktionerne på Bornholm.

Varetagelsen af hovedfunktionerne sker ved det fastansatte personale og en række lægelige konsulentordninger samt telemedicinske løsninger.